本研究会﹙院,筹﹚设“三层”组织架构、立“两级”运行机制、建“两型”研究团队,形成自身特色的新型智库管理体制与运行机制。“三层”组织架构是常设理事会、学术委员会、课题组,其中,常设理事会是领导层,学术委员会是评议层,课题组是执行层,由首席专家任组长,首席专家由学术委员会在本研究会﹙院,筹﹚专家中遴选产生。“两级”运行机制是常设理事会领导下的会﹙院﹚长负责制和会﹙院﹚长领导下的首席专家负责制。首席专家自主遴选课题组成员,全权负责经费使用和研究成果的质量及转化应用,并负责与实际部门的对接与合作。“两型”研究团队是紧密型研究团队和合作型研究团队,紧密型研究团队以会﹙院﹚长为牵头人,由核心成员组成,相对固定;合作型研究团队以首席专家为牵头人,由相关学科带头人组成,相对灵活。“两型”研究团队都实行柔性管理和弹性工作制,在研究工作中充分运用信息化手段,最大限度地提高效率。这种体制机制是本会﹙院,筹﹚2002年后在实体化转型实践中共同探索总结出来的,大家都赞成并自觉遵循,效果很好,今后还要继续完善体制机制建设。